甲醇本身不会伤害发动机，但甲醇的热值比汽油低，动力比纯汽油差。此外由于甲醇的燃烧特性与汽油不同，采用高甲醇含量燃料的发动机需要进行特别调教，否则容易出现爆震等现象。

甲醇汽油可能导致的一些负面影响是对油路中橡胶元件的腐蚀。

至于环保，甲醇“环保”的根本原因是其可以从生物来源，如秸秆发酵等方式获取，因此被视为可再生能源。至于燃烧产物则和汽油没有区别（汽油完全燃烧的产物也是水和二氧化碳）